La Universidad CAECE comenzó su actividad en abril de 1967.

Tras obtener rápidamente el reconocimiento provisorio del Ministerio de Educación de la Nación lanzó sus primeras carreras: las Licenciaturas en Matemática y Sistemas. En su momento, la Licenciatura en Sistemas fue la primera de su índole creada en el país. Diez años más tarde abrió las carreras de Licenciaturas en Ciencias Biológicas y en Ciencias Pedagógicas, ambas dotadas de la infraestructura adecuada para desarrollar los correspondientes trabajos prácticos. Dentro del área de Ciencias Pedagógicas se dictaba la Licenciatura en Psicopedagogía. A finales de los años setenta la Universidad había crecido y funcionaba en dos edificios: uno en la calle Solís y otro en la Av. Belgrano. El número de alumnos oscilaba entre 700 y 800. Se dictaban también seminarios extracurriculares (como el de Epistemología) y cursos de perfeccionamiento para profesores. Después de un largo proceso iniciado en 1978, que incluyó varias inspecciones y la presentación de una amplia y frondosa documentación, la Universidad CAECE obtuvo el reconocimiento definitivo del Ministerio de Cultura y Educación, el cual tiene un importante significado para las universidades privadas, puesto que les confiere una autonomía similar a la de las universidades estatales.

La Universidad CAECE está organizada departamentalmente.

Cada carrera de grado depende de un Departamento, que también es responsable de las materias de su área que se dictan en otras carreras, de modo que hay carreras atendidas por más de un Departamento.